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Les chiffres

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Etude Expérimentale Et Théorique De La Dynamique De Diffusion Nucléaire Des Facteurs De Transcription

Reference : PhD Student

Publication de l'offre : 23 mars 2017

L'expression génique est régulée par des facteurs de transcription (FT) qui reconnaissent des séquences régulatrices d'ADN. Les stratégies de recherche que les FT utilisent pour trouver ces sites régulateurs sont essentielles pour comprendre la dynamique de la régulation transcriptionnelle. Le modèle
standard suppose un processus de diffusion 3D plus 1D: les FTs se déplacent librement en solution ou glissent sur l'ADN. Ce modèle simple donne une explication élégante du pourquoi le taux d'association FT-ADN, mesuré in vitro, est 100 fois plus rapide que le taux prévu basé uniquement sur la diffusion 3D.

 

Cependant, de récentes expériences à une résolution de molécule unique in vivo ont suggéré que la structure 3D de la chromatine influe sur le processus de diffusion. Nous avons développé un nouveau modèle stochastique multi-échelle
qui intègre les interactions ADN-protéine avec des informations à haute résolution sur la structure 3D de la chromatine (Avcu et Molina 2016). Ce modèle nous permet de fournir des prédictions vérifiables des taux d'association aux sites de liaison à l'échelle du génome. La prochaine étape cruciale est de tester expérimentalement nos résultats.

 

Nous proposons un projet de recherche de doctorat pour étudier le processus de diffusion des FTs inductibles marqués par fluorescence. Nous projetons de mesurer les taux d'association sur des collections de sites de liaison insérés aléatoirement dans le génome, en utilisant le système de transposon PiggyBac
(en collaboration avec Luca Giorgetti au FMI) ou des insertions guidées à l'aide de CRISPR / CAS9 (en collaboration avec Bernardo Reina à l'IGBMC). Cette configuration nous permettra d'élucider si le contexte génomique influence les taux d'association des FTs. De plus, nous allons étudier théoriquement les implications pour la régulation de la transcription. L'Université de Strasbourg et l’IGBMC offrent un environnement dynamique et multidisciplinaire qui est unique pour développer une carrière scientifique.

 

Compétences Le candidat idéal doit avoir une très bonne formation en mathématique, de bonnes compétences en programmation et une expérience en microscopie. Une
connaissance de base de la régulation des gènes est souhaitable. Une forte motivation et une bonne capacité à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire sont également importants. Une bonne pratique de la langue
anglaise à l’écrit et à l’oral sera nécessaire pour la communication dans l'équipe et avec d'autres groupes.

 

Expertises

 

La formation impliquera l'acquisition de compétences expérimentales et théoriques. Sur le plan expérimental, le doctorant apprendra des méthodes en microscopie et en biologie moléculaire; Sur le plan théorique, l'étudiant en
doctorat deviendra compétent dans les processus stochastiques, la programmation et les statistiques bayésiennes. Au cours de la thèse, l'étudiant devra développer une pensée critique et acquérir une communication de recherche aisée à l’oral et à l’écrit.

Votre candidature

Date limite de candidature : 1 novembre 2017

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