L'équipe
  • Chercheurs

    Didier DEVYS

    Laszlo TORA

    Stéphane VINCENT

  • Post-Doctorants

    Farrah EL SAAFIN

    Ivanka KAMENOVA

  • Doctorants

    Paul BARDOT

    Sascha CONIC

    Federica EVANGELISTA

    Tiago FIDALGO BAPTISTA

    Véronique FISCHER

    Vincent HISLER

    Pooja MUKHERJEE

    Kenny SCHUMACHER

    Fang WANG

    Changwei YU

  • Ingénieurs & Techniciens

    Elisabeth SCHEER

    Matthieu STIERLE

  • Master

    David SCHMIT

    Emmanouela VLACHOU-PORTARI

Biologie du développement et cellules souches

Modifications de la chromatine et régulation de la transcription des gènes lors de la différentiation cellulaire

Au cours des dernières années, notre laboratoire a identifié et caractérisé un grand nombre de facteurs nucléaires de transcription. Parmi ces protéines régulatrices, nous nous intéressons aux facteurs d'initiation et aux co-activateurs de l'ARN polymérase II qui forment de larges complexes multiprotéiques au niveau de l'ADN des promoteurs afin de coordonner l'initiation de la transcription et/ou de modifier le paysage épigénétique du génome. Nos travaux démontrent que ces grands complexes co-activateurs jouent un rôle critique dans la transcription générale et cellule spécifique, ainsi que dans les processus de remodelage de la chromatine. Notre principal axe de recherche est l'étude de la nature des machineries moléculaires et des mécanismes qui contrôlent comment la transcription de gènes codant pour des protéines spécifiques est activée ou éteinte dans le noyau d'une cellule donnée, au cours de la croissance, de la différenciation et du développement. Un autre axe de recherche est de comprendre comment la dérégulation de ce processus très contrôlé peut être à l'origine de différentes pathologies. Nous utilisons des approches de biochimie, de génétique, de biologie cellulaire, d'imagerie et de biologie structurale, et différents modèles eucaryotes (levure, souris et homme). Nos travaux actuels ont pour but de mieux comprendre les processus de régulation dans les différents systèmes cellulaires en conditions physiologiques, y compris au cours du développement embryonnaire des mammifères.

Site de l'equipe

  • Projets en cours

    1. Etude de TFIID et de différents complexes de remodelage de la chromatine au cours de la différenciation et du développement
    2. Etude de l'assemblage et de la dynamique des complexes de transcription au cours de la régulation de l'expression des gènes
    3. Etude de la régulation de la mono ubiquitination de l'histone H2B et de son rôle dans l'homéostasie cellulaire
    4. Etude du complexe d'export nucléaire des ARNm dans la stabilité du génome et l'architecture de la chromatine


    Méthodes
    Par des approches combinant de la microscopie à fluorescence, immunolocalisation, vidéomicroscopie GFP (green fluorescent protein), localisation de molécules uniques d'ARN par hybridation in situ (RNA FISH), nous analysons les mécanismes qui régulent la transcription à un niveau élevé de résolution. De plus, afin de répondre à nos questions, nous avons recours à différentes combinaisons d'approches biochimiques: immunoprécipitation de protéines associée à la spectrométrie de masse, analyses de l'expression génique à l'échelle du génome (RNA-seq); localisation de la fixation des facteurs de transcription (ChIP-seq), analyse des transcrits naissants (4-TU). Nous utilisons aussi l'approche génétique (levure et souris) et des techniques d'imagerie (FRAP, FCS, STED, 3D-SIM et spt-PALM).

  • Collaborations

    - Dr. Marc H.T.M. Timmers, Utrecht University, Utrecht, The Netherlands, TAF-TFIID project
    - Dr. Iannis Talianidis, BIOMEDICAL SCIENCES RESEARCH CENTER, Alexander Fleming, Athens, Greece, TFIID project
    - Dr. Ferenc Müller, Department of Medical and Molecular Genetics, School of Clinical and Experimental Medicine, University of Birmingham; UK, TAF-TBP like project,
    - Dr. Sophia Georgieva, Institute of Gene Biology, Moscow, Russia, mRNA export project
    - Dr. Cheng-Fu Kao, Academia Sinica, Taipei, Taiwan, International common ANR project histone H2B deubiquitination
    - Dr. Graham Wright, Institute of Medical Biology, Singapore, Super resolution imaging, TFIID, SAGA and ATAC project
    - Drs. Yves Mely and Pascal Didier, UdS, Laboratoire Biophotonique et des interactions moleculaires, Illkirch, France, Super resolution imaging, TFIID, SAGA and ATAC project
    - Dr. Etienne Weiss, ESBS UdS, Illkirch, France, Dynamic visualization of nuclear transcription factors
    - Dr. Robert Schneider, IGBMC, Illkirch, France, analyzing novel acetylation sites in the chromatin
    - Dr. Patrick Schultz; IGBMC, Illkirch, France, EM structure of TFIID and ATAC complexes   
    - Dr. Imre Berger, EMBL, Grenoble, structure of TFIID and ATAC complexes

  • Prix/Distinctions

    • Laszlo TORA - ERC Advanced Grant - European Research Council - 2013
    • Laszlo TORA - Grand Prix Etancelin - Institut de France de l'Académie des Sciences - 2011
    • Laszlo TORA - Prix Scientifique - Helmholtz Humboldt Research - 2005
    • Laszlo TORA - Membre de l'organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO) - European Molecular Biology Organization (EMBO) - 2001
    • Laszlo TORA - Médaille d'Argent - CNRS - 2001
  • Actualites

  • Publications

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  • Recrutement

  • Alumni

    Former PhD students:

    • Xavier Jacq,1992-1997, thesis: 14.10.1997.
      VP Scientific Affairs at MISSION Therapeutics, Cambridge, UK
    • Anne Bertolotti, 1993-1998, thesis: 20.04.1998
      Group leader at MRC-LMB, Cambridge, UK
    • Jean-Christophe Dantonel, 1995-1999, thesis: 17. 12. 1999
      Director at Government Agency, Health and Biotechnologies, Région de     Paris, France
    • Marjorie Brand, 1996-2001, thesis: 20.2.2001.
      Group Leader at Sprott Center for Stem Cell Research, Ottawa Hospital     Research Institute, Canada
    • Doris Kirschner, 1997-2001, thesis: 14.03.2001.
      Business Management consultant at Paris Region Enterprises
    • Claire Leurent, 1998-2002, thesis 13.12.2002.
      Director, Neuroscience Clinical Research, Pfizer, USA
    • Màté Demény, 2001-2006, thesis: 31.05.2006.
      Team Instructor, University of Debrecen, Hungary
    • Sara Hardy, 2001-2005, thesis: 24.06.2005.
      Ingénieure en Bioinformatique - Chercheure en Biologie Moléculaire et     Cellulaire, Université Toulouse III, France
    • Flavie Robert, 2001-2005, thesis: 15.06.2005.
      Chimiste, spécialiste en biotechnologie pharmaceutique,
      Co-fondatrice de Bokoloko (épicerie sans emballage), Vevey, Switzerland
    • Adrien Eberlin, 2002-2008, thesis: 09.11.2007
      Chef de Projet Oncologie (MSD France), Alsace, France
    • Laure Jobert, 2003-2009, thesis: 28.11.2007
      Staff Scientist at Thermo Fisher Scientific, Oslo, Norway,
    • Emese Gazdag, 2004-2009, thesis: 24.11.2008
      Molecular Biologist, PhD in Life Sciences
    • Arnaud Krebs, 2006-2010, thesis 21.09.2010
      Post-doc, Friedrich Miescher Institute for Biomedical     Research, Basel,     Switzerland,
      From 01.01.2018, Group-leader at EMBL, Heidelberg, Germany
    • Guillaume Lang, 2006-2011, thesis: 20.09.2011.
    • Jacques Bonnet, 2007-2013, thesis: 16.03.2013
      Post-doc at MPI of Biochemistry, Martinsried, München, Germany
    • Anne Riss, 2007-2012, thesis: 16.09.2012.
      Technical Support Scientist for the UK/Nordics area at Merck Millipore,     Molsheim, France
    • Akos Gyenis, 2008-2013, thesis: 16.12.2012.
      Post-doc at Erasmus MC, Rotterdam, The Netherlands
    • Sarina Ravens, 2010-2014, thesis: 1.12. 2014.
      Post-doc at Institute of Immunology, Hannover Medical School, Hannover,     Germany.
    • Nikolas Vosnakis, 2010-2014, thesis 16.12.2014.
      ERC Grant officer, Brussels, Belgium

     

    Former Post-docs:

    • Veronika Dubrovskaya, 1993-1995
      Department of Biological Sciences, Fordham University, Bronx, NY, USA.
    • Elzbieta Wieczorek, 1995-1997
      Project leader at Department of Biochemistry, Faculty of Chemistry,         University of Science and Technology, Wroc?aw, Poland.
    • Brendan Bell, 1997-2002
      Associate professor and Director of Microbiology graduate studies at             Université de Sherbrooke (Québec), Canada
    • Lorant Lakatos, 1999-2001
      Principal Investigator at Department of Dermatology and Allergology,             University of Szeged, Hungary
    • William Mohan, 1999-2003
      Chemist at Health Canada, Canada
    • Elmar vom Baur, 2001-2002
      Director, Development Project Manager at Molecular Partners AG, Zurich,         Switzerland
    • Evi Soutoglou, 2001-2003
      Group Leader at IGBMC, Illkirch, France
    • Mattia Frontini, 2001-2006
      Senior Research Associate at Cambridge Cardiovascular, Department of         Haematology, University of Cambridge, Cambridge Biomedical Campus,             Cambridge, UK.
    • Nathalie Matter, 2002-2003
      Science Manager, Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Institute of             Nanotechnology, Karlsruhe, Germany
    • Traci Hilton, 2003-2006
      Principle Investigtor at UbiVac, LLC, University of Washington, Portland,             Oregon, USA
    • Zita Nagy, 2004-2008
      Post-doc at IGBMC, Illkirch, France
    • Anne Helmrich, 2006-2012
      Technical Support for Merck Millipore Life Science, Molsheim, France
    • Maria Elena Torres-Padilla, 2006-2008
      Director of Institute of Epigenetics and Stem Cells at Helmholtz Zentrum             München, Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt             (GmbH), Germany
    • Meritxell Orpinell, 2007-2010
      Project Manager at ERT (eResearchTechnology, Inc.), Geneva, Switzerland
    • Krishanpal Karmodiya, 2008-2013
      INSPIRE Faculty Fellow at Center of Excellence in Epigenetics, IISER, Pune,         India
    • Anamika Krishanpal, 2009-2013
      Technical Specialist and Genomics Team Leader at Labs, at Persistent             Systems, Pune, India
    • Monica Ballarino, 2010-2012
      Researcher at Dept. of Biology and Biotechnology "Charles Darwin"             Sapienza University of Rome, Rome, Italy
    • Eda Süer, 2012-2013
      Freelance Translator, Ankara, Turkey
    • David Umlauf, 2010-2013
      Maître de Conférences at Université Toulouse III - Paul Sabatier, Toulouse,         France
    • Marjorie Fournier, 2010-2014
      Research Scientist, Proteomics Specialist, University of Oxford, Oxford, UK,
    • Chen-Yi Wang, 2012-2014
      Postdoctoral Research Scientist, University of Oxford, Ludwig Institute for         Cancer, Oxford, UK
  • Vidéos

  • Sujets de thèse

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