Equipes participantes

Biologie quantitative

Coordonnateur : Gilles Charvin (BDCS)
Comité de gestion : Annick Dejaegere (BSI), Nacho Molina (GFC), Juliette Godin (MTN).


13 équipes participantes :

  • BSI : Dejaegere, Kieffer, Weixelbaumer.
  • GFC : Li, Molina, Sexton, Sexton
  • BDCS : Riveline, Vermot, Charvin, Soutoglou, Soutoglou, Dollé
  • MTN : Godin, Laporte, Laporte
  • Plates-formes technologiques concernées : informatique, bioinformatique, imagerie, séquençage, spectrométrie de masse, criblage à haut débit.

 

La biologie se transforme progressivement en une discipline quantitative. A toutes les échelles, de l'atome à l'organisme entier, l'analyse des processus et des fonctions biologiques nécessite des dispositifs expérimentaux et des outils d'analyse de plus en plus complexes. Ces méthodologies émergentes s'appuient de plus en plus sur les apports d'autres disciplines, telles que l'informatique, la physique, la chimie et les mathématiques.

Les équipes de l'IGBMC ont des intérêts de recherche variés, mais elles partagent beaucoup de méthodologie commune en biologie quantitative. Dans ce contexte, nous aimerions lancer un nouveau programme transversal avec une perspective méthodologique pour fédérer les équipes autour des tendances émergentes en biologie quantitative. Cet axe stratégique - qui est l'une des orientations thématiques du Labex - a déjà été défini comme une priorité dans les principaux instituts de recherche en biologie (par exemple, le département de biologie quantitative du FMI, Bâle).

L'objectif de ce programme est triple, tel que décrit en détail dans la section suivante. Tout d'abord, il nous permettra de faire un audit de l'expertise existante dans ces domaines à l'IGBMC, et de tenter de renforcer les liens entre les équipes qui partagent une méthodologie commune. Deuxièmement, il s'efforcera d'élargir l'expertise dans des méthodes quantitatives spécifiques en invitant des experts externes reconnus à donner des conférences, en organisant de petits ateliers et en formant des étudiants, des post-doctorants et des chercheurs. Enfin, il tentera de faire de l'IGBMC un nœud important en biologie quantitative et de le projeter vers le paysage scientifique local, régional et européen.

Le programme accueille toutes les équipes qui ont déjà une expertise ou qui souhaitent en acquérir une dans les domaines suivants :

1) Méthodes expérimentales
Analyses unicellulaires, OMICS, spectrométrie de masse, méthodes structurales, imagerie quantitative, microfabrication et autres méthodes biophysiques.

2) Méthodes informatiques et simulations numériques
Dynamique cellulaire et tissulaire, dynamique moléculaire, simulations stochastiques, modélisation de réseaux de gènes.

3) Statistiques et modèles mathématiques
Physique statistique, processus stochastiques, théorie des systèmes dynamiques, analyses statistiques, théorie des réseaux.

4) Traitement de l'information
Analyse de données RMN, analyse de données de spectrométrie de masse, techniques de traitement d'images, analyse de séquences d'ADN, gestion de grandes données.

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